Wybuch I wojny światowej przerwał jego edukację. Po jej zakończeniu postanowił wyjechać i związać swoją przyszłość ze stanem duchownym. Rozpoczął naukę w zakładzie salezjańskim dla spóźnionych powołań z Czech w Perosa Argentine we Włoszech. Święcenia kapłańskie otrzymał 1 lipca 1932 roku i uzyskał doktorat na Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie.
Powrócił do Czech, gdzie zaczął szerzyć idee salezjańskie, budować ośrodki edukacji, kościoły, a także zaczął wspierać np. studentat (klasztor) filozoficzny wraz z internatem dla Czechów i Słowaków. W latach 30 XX wieku praca ks. Trochty była prężna m.in. dzięki wsparciu lokalnych społeczności a także pomocy władz czechosłowackich. Jednak pod koniec dekady Czechosłowację, a wkrótce całą Europę, nawiedziły niespokojne czasy. Ojczyzna Trochty została przyłączona do Niemiec, a ze Słowacji uczyniono marionetkowe państewko.
W nazistowskich Niemczech prześladowaniom poddano nie tylko Żydów, Romów czy homoseksualistów. W kraju z terrorem spotkali się również duchowni, między innymi katoliccy. O zwalczaniu kleru wspominali Himmler, Goebbels czy Hans Frank. Późniejszy zastępca protektora Czech i Moraw Reinhard Heydrich, jeden z organizatorów konferencji w Wannsee, a więc sprawców Holocaustu, darzył nienawiścią różne wyznania religijne, wydał nawet rozkazy gestapo mające na celu rozprawienia się z każdym przejawem religijnej opozycji. W czasach nazizmu aresztowano księży, zakonnice i zakonników, zamykano katolickie szkoły, zawłaszczano kościelne majątki, rozwiązywano chrześcijańskie organizacje młodzieżowe, w tym salezjańskie. Katolickich księży systematycznie represjonowano. W Dachau, obozie koncentracyjnym wzorcowym dla innych tego typu miejsc istniał specjalny, oddzielny barak (nr 26) dla katolickich i protestanckich duchownych. Przebywało w nim ponad 400 osób.
Podobne represje spadły na czeskie ośrodki kulturowe i religijne. W obozach koncentracyjnych zamknięto blisko 500 księży i zakonników. 27 maja 1942 roku miał miejsce zamach czeskiego ruchu oporu na Heydricha. Dzień później w okupowanym kraju rozpoczął się ze zdwojoną siłą terroru odwet. Dzień po zamachu Štěpán Trochta został aresztowany, a następnie zesłany do obozu koncentracyjnego w Terezinie. Jego „winą” były kontakty z nuncjaturą oraz tajne kontakty z Włochami.
Ksiądz po niedługim czasie został skierowany do kolejnych obozów koncentracyjnych, w Mauthausen i Dachau. Pewnego razu cudem uniknął śmierci – został wraz z 7 innymi więźniami wywołany na apelu do pracy przy opróżnianiu latryn. W trakcie pracy, pchając wóz pełen nieczystości, Štěpán Trochta ślizgał się w swoich drewnianych butach. Zniecierpliwiony esesman postrzelił go dwukrotnie. Ksiądz padł na ziemię i udawał martwego, w nadziei, że Niemiec nie podejdzie i nie dobije go. Rannego wrzucono na wóz, którym transportowano martwe ciała do krematorium. Leżąc wśród martwych współwięźniów, Štěpán Trochta stracił przytomność. Na jego szczęście, więźniowie nie dowieźli go na miejsce, albowiem wybił alarm kończący pracę i wzywający wszystkich na wieczorny apel. Štěpán Trochta ocknął się, zerwał z jednego martwego więźnia kawałek ubrania, którym się obandażował i udał się do obozowego szpitala.
Trochta doczekał wolności w obozie w Dachau, gdzie współwięźniowie zapamiętali go jako osobę, która zawsze niosła innym pomoc, nie tylko materialną, ale również duchową, m.in. dzieląc się żywnością otrzymywaną z paczek oraz udzielając sakramentów.
Po wojnie wrócił do Czechosłowacji. Został mianowany biskupem przez papieża Piusa XII, jednak wkrótce został represjonowany przez władze komunistyczne, które go internowały, a następnie skazały na 25 lat więzienia. Amnestionowany pracował jako robotnik. W 1962 r. przeszedł na emeryturę i zamieszkał w domu opieki pod nadzorem milicji. Zmarł w 1974 roku.